В интернете достаточно много публикаций по этому поводу, таких как эти: habrahabr;
тут неплохо написано под windows 2008, но и нам подойдет - oszone или microsoft.
Ну в принципе этого достаточно, у себя я разрешил запуск программ по путям: "c:\ProgramFiles" и "c:/Windows", но что бы работали мои ярлыки я еще прописал в пути вот такое правило - "*.lnk", при этом из типов исполняемых файлов - я его удалил...это единственный вариант, который у меня заработал как надо. Сколько не пытался найти решения в интернете-ничего не выходило, не работали ярлыки с рабочего стола и тд, запускалось все только исполняемыми файлами, а так все как надо! Работают программы из этих папок, а так же ярлыки ссылающиеся на программы именно из этих папок!